PROJET PIMIENTO

Le projet PIMIENTO est porté par la Fondation de l’INRIA et l’INRIA Bordeaux.

CONTEXTE & OBJECTIFS

Le projet Pimiento vise à développer de nouvelles approches mathé- matiques pour améliorer le suivi et la prise en charge de patients atteints de cancers primitifs du poumon.

Les méthodes utilisées couplent de nouveaux modèles mécanistiques pour le suivi (basés sur des équations aux dérivées partielles) et des modèles dérivés par apprentissage pour identifier des corrélations entre divers marqueurs et l’évolution clinique (rechute, évaluation précoce de la réponse au traitement).

RÉSULTATS

Le déroulement du projet a été fortement perturbé par la crise sanitaire. Le recueil des données ayant pris beaucoup de retard, les développements ont surtout été méthodologiques cette année.

Le pipeline de traitement automatique des données est en place et nous nous sommes concentrés sur deux tâches : la segmentation du parenchyme pulmonaire et des lésions et la classification des patients par approche radiomique.

Segmentation : une approche de réseaux de neurones en cascade a été développée pour la segmentation automatique du parenchyme et des lésions pulmonaires. Les résultats sont très convaincants. L’algorithme a été validé sur des maladies de différents stades (avec des lésions focales ou plus diffuses) et parait très robuste. Il sera utilisé dans le projet et déployé sur AWS.

Classification : à partir des images brutes et des segmentations, une quantification de l’imagerie radiologique est réalisée par une approche radiomique. Ces caractéristiques sont ensuite corrélées au pronostic thérapeutique par apprentissage automatique. Outre la classification par apprentissage supervisé, différentes méthodes de post-traitement, harmonisation, sélection ont été implémentées. Un algorithme de prédiction de la réponse de stade 4 à l’immunothérapie a été dérivé à l’aide d’une cohorte de l’hôpital Tenon. Ses performances sont très encourageantes et la fin du recueil des données devrait nous confirmer ses qualités.

PERSPECTIVES

Avec un retour à la normale, le projet reprend pleinement sa trajectoire initiale. Deux collaborations sont toujours en cours : avec l’Hôpital Tenon sur les stades 4 par immunothérapie (3-4ème ligne) et avec le centre André Lacassagne sur les stades 1 par radiothérapie stéréotaxique.

Parallèlement nous sommes impliqués dans l’initiative Osiris de standardisation des caractéristiques radiomics ce qui facilitera les études prévues avec le CHU Bordeaux, l’Institut Bergonié et autres membres du consortium.

PUBLICATION

Pas de publications sur le projet pour l’instant, les développements méthodologiques sont en cours de finalisation/rédaction pour publication.