PROJET PIBNET

Le projet PIBnet est porté par l’Institut Pasteur

CONTEXTE, OBJECTIFS & MÉTHODOLOGIE

Les biobanques jouent un rôle essentiel dans la surveillance des épidémies mais aussi dans les projets de recherche visant à améliorer la santé des populations à travers le monde. L’Institut Pasteur a ainsi initié en 2014 le projet PIBnet, visant à constituer un réseau mondial de surveillance, reposant notamment sur la création d’une biobanque d’envergure mondiale qui implique le Réseau international des Instituts Pasteur (RIIP).

Constitué de 32 instituts situés sur les 5 continents, le RIIP rassemble des collections biologiques exceptionnelles (souches de bactéries, virus, parasites et champignons, échantillons primaires d’origine humaine, vétérinaire ou environnementale en provenance de nombreuses régions du monde). La quantité et la diversité de ces échantillons en font un outil-clef dans la lutte contre les maladies.

Les échantillons issus des différentes collections sont enrichis de métadonnées, associant des informations cliniques et épidémiologiques et des données sur le pathogène concerné. Les bases de données sont enrichies de données de séquences ADN/ARN et d’outils permettant ainsi, par exemple, la comparaison d’une nouvelle souche responsable d’une épidémie aux données globales et donc d’identifier rapidement un clone émergent ou ré-émergent.

“L’existence des collections historiques dans nos laboratoires représente un intérêt majeur pour étudier l’évolution des souches, que ce soit en matières de mutation, ou de virulence, et d’une manière générale dans le contexte de résistance aux antibiotiques.“

Dr Vincent ENOUF

Coordinateur du projet PIB Net

RÉSULTATS

La constitution de cette base de données implique l’accès à des technologies de pointe (équipements scientifiques, bioinformatique) et la formation des personnels à ces nouvelles technologies, financés grâce au fonds de dotation MSDAVENIR. Il s’agit de la formation aux techniques de séquençage nouvelle génération, d’utilisation de spectrométrie de masse (MALDI-TOF) et du développement des outils informatiques adaptés à ce projet. La mise en place de ces technologies et des compétences adaptées permet d’alimenter la base de données à partir des souches déjà collectées mais surtout d’analyser en temps réel les souches/échantillons responsables de pathologies diverses dans des environnements différents. Ces analyses génèrent des applications concrètes pour la santé humaine.

La plateforme de microbiologie mutualisée (P2M) est désormais un outil essentiel au bon fonctionnement de nos laboratoires de références, CNR et CCOMS.

Plus de 18 000 séquences réalisées
En provenance de sources variées : CNR pasteuriens (principalement), Centres collaborateurs OMS (CCOMS), Collections historiques, Cellule d’intervention biologique d’urgence (CIBU), CNR extérieurs à l’Institut Pasteur (laboratoire AP-HP le plus souvent), Instituts Pasteur appartenant au Réseau international, INRA, CIRAD, CNRS.

Cette activité, suivant un process quasi-industriel, apporte une réelle plus-value en termes de santé publique, confirmée par les autorités de santé qui ont intégré une partie de ces nouveaux éléments dans le financement des CNR.

PUBLICATIONS RÉCENTES

1. Moura A, Tourdjman M, Leclercq A, Hamelin E, Laurent E, Fredriksen N, Van Cauteren D, Bracq-Dieye H, Thouvenot P, Vales G, Tessaud-Rita N, Maury MM, Alexandru A, Criscuolo A, Quevillon E, Donguy MP, Enouf V, de Valk H, Brisse S, Lecuit M. Real-Time Whole-Genome Sequencing for Surveillance of Listeria monocytogenes, France. Emerg Infect Dis. 2017 Sep;23(9):1462-1470. doi: 10.3201/eid2309.170336. Epub 2017 Sep 17. PubMed PMID: 28643628; PubMed Central PMCID: PMC5572858.

2. Perrin A, Larsonneur E, Nicholson AC, Edwards DJ, Gundlach KM, Whitney AM, Gulvik CA, Bell ME, Rendueles O, Cury J, Hugon P, Clermont D, Enouf V, Loparev V, Juieng P, Monson T, Warshauer D, Elbadawi LI, Walters MS, Crist MB, Noble-Wang J, Borlaug G, Rocha EPC, Criscuolo A, Touchon M, Davis JP, Holt KE, McQuiston JR, Brisse S. Evolutionary dynamics and genomic features of the Elizabethkingia anophelis 2015 to 2016 Wisconsin outbreak strain. Nat Commun. 2017 May 24;8:15483. doi: 10.1038/ncomms15483. PubMed PMID: 28537263; PubMed Central PMCID: PMC5458099.

3. Lukarska M, Fournier G, Pfl ug A, Resa-Infante P, Reich S, Naffakh N, Cusack S. Structural basis of an essential interaction between infl uenza polymerase and Pol II CTD. Nature. 2017 Jan 5;541(7635):117-121. doi: 10.1038/nature20594. Epub 2016 Dec 21. PubMed PMID: 28002402.

4. Moura A, Criscuolo A, Pouseele H, Maury MM, Leclercq A, Tarr C, Björkman JT, Dallman T, Reimer A, Enouf V, Larsonneur E, Carleton H, Bracq-Dieye H, Katz LS, Jones L, Touchon M, Tourdjman M, Walker M, Stroika S, Cantinelli T, Chenal-Francisque V, Kucerova Z, Rocha EP, Nadon C, Grant K, Nielsen EM, Pot B, Gerner-Smidt P, Lecuit M, Brisse S. Whole genome-based population biology and epidemiological surveillance of Listeria monocytogenes. Nat Microbiol. 2016 Oct 10;2:16185. doi: 10.1038/nmicrobiol.2016.185. PubMed PMID: 27723724.